Lidská duše je podle Órigena (opět pod vlivem platónismu) nejen nesmrtelná, ale i věčná. Že se nachází v hmotném těle, je zaviněno jejím hříchem a pádem.

Órigenovi je mylně přisuzováno, že zastával učení o „stěhování duší" neboli reinkarnaci, vůči kterému se ale výrazně vymezoval a spolu s ostatními křesťanskými autory ji odsuzoval jako „nesmyslné učení", např.: „Někteří museli od lékařů strpět i nesmyslné učení o stěhování duší, které snižuje rozumné bytosti jednak na úroveň nerozumných (zvířat), jednak dokonce na úroveň necitlivých bytostí (rostlin)." (Proti Kelsovi, III, 75) Co Órigenés pod vlivem platónismu učil nad rámec křesťanské víry, byla teze o preexistenci duší, které v důsledku svého hříchu upadly za trest do hmotného těla. Neučil tedy reinkarnaci, tj. přechod duše z těla do dalšího těla neboli metensomatózi, ale pojednával o ensomatózi, tj. o jednorázovém vstoupení duchových duší do hmotného těla v důsledku svého předtělesného hříchu. Platónismem ovlivněné učení o možnosti vzniku nových a nových světů časově posloupně za sebou a tak možné opakované pády duší do těla v důsledku trestů nelze považovat za koncept reinkarnace, který Órigenes explicitně v souladu s křesťanskou naukou odmítal. Učení o preexistenci duší a tudíž i o ensomatózi bylo spolu s dalšími prvky i pozdějšího órigenismu odsouzeno Druhým Konstantinopolským koncilem v roce 553.